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La truite fario est menacée à deux niveaux:
La truite de rivière - Menaces
Abondance
La truite autochtone est menacée car son habitat est dégradé. Il s'agit principalement de son biotope de reproduction ou l'accès à celui-ci. En effet les aménagements sur les rivières salmonicoles (barrages, centrale hydro-électriques, buses mal aménagées...) ne permettent pas aux géniteurs d'accéder au zones de reproduction.
Ensuite les secteurs amont de ces rivières qui constituent le chevelu et donc le berceau de la vie, sont souvent détériorés (recalibrage, manque d'abris) ou les frayères colmatées par des problèmes d'érosion (remembrement etc.).
La variabilité génétique
On l'a dit, l'alevinage massif des dernières décennies en juvéniles d'élevage de forme atlantique moderne a introduit des gènes domestiques dans les populations naturelles. Cette introgression est particulièrement condamnable dans le cas où les populations méditerranéennes sont altérées par des gènes atlantiques. Nos populations de truites autochtones sont remarquables par leur diversité et représentent un patrimoine inestimable, qu'il faut sauvegarder à tout prix.
